呼吸鏈中具有質子泵功能的是細胞線粒體內的ATP合酶
細胞線粒體是細胞內的重要能量轉換中心，通過細胞呼吸將有機物的化學能轉化為細胞可以利用的能量。呼吸鏈是細胞線粒體內的一系列酶和分子復合體，參與將電子從底物（如葡萄糖）轉移到最終受體（如氧氣）的過程。在這個過程中，有兩個關鍵的酶具有質子泵功能，一個是NADH-喋呤核苷二磷酸還原酶復合體，另一個是ATP合酶。
ATP合酶是細胞線粒體內的一個大型復合酶，也是呼吸鏈中具有質子泵功能的關鍵酶之一。它利用質子梯度的能量，將ADP和無機磷酸（Pi）合成ATP，為細胞提供能量。具體來說，ATP合酶通過將質子從線粒體內腔轉運到線粒體基質中，產生質子梯度。質子梯度的形成使得質子能夠通過ATP合酶驅動轉運ADP和Pi，合成ATP。
舉個例子來說明這個過程。我們知道在人體中，細胞線粒體是肌肉細胞中的主要能量來源。當我們進行高強度運動時，肌肉細胞需要大量的能量來供應肌肉收縮。這時，細胞線粒體內的呼吸鏈將大量葡萄糖氧化為二氧化碳和水，產生大量的電子。這些電子通過呼吸鏈中的ATP合酶傳遞，驅動質子從線粒體內腔轉運到線粒體基質中，形成質子梯度。質子梯度的能量最終被ATP合酶利用，合成ATP，為肌肉細胞提供能量，使肌肉能夠繼續運動。
呼吸鏈中具有質子泵功能的是細菌中的NADH-喋呤核苷二磷酸復合體
除了細胞線粒體內的ATP合酶，細菌中的NADH-喋呤核苷二磷酸復合體也具有呼吸鏈中的質子泵功能。細菌的呼吸鏈與細胞線粒體的呼吸鏈類似，但存在一些差異。細菌的呼吸鏈位於細菌細胞膜上，通過一系列的酶和分子復合體傳遞電子，將氧氣還原為水，同時產生質子梯度。
NADH-喋呤核苷二磷酸復合體是細菌呼吸鏈中的一個復合體，負責將NADH的電子傳遞給細胞色素c。同時，在電子傳遞的過程中，NADH-喋呤核苷二磷酸復合體通過泵質子跨膜，產生質子梯度。具體來說，NADH-喋呤核苷二磷酸復合體將NADH的電子轉移給細胞色素c，同時將質子從細菌細胞內轉運到外側，形成質子梯度。質子梯度的能量最終被細菌細胞利用，合成ATP，為細菌提供能量。
以大腸桿菌為例，這種細菌廣泛存在於自然界中，包括人體的腸道中。大腸桿菌通過呼吸鏈中的NADH-喋呤核苷二磷酸復合體進行細胞呼吸，產生能量。具體來說，當大腸桿菌在腸道中尋找營養物質時，通過呼吸鏈中的NADH-喋呤核苷二磷酸復合體將營養物質氧化為CO2和水，產生大量的電子。這些電子通過NADH-喋呤核苷二磷酸復合體傳遞，驅動質子從大腸桿菌細胞內轉運到外側，形成質子梯度。質子梯度的能量最終被細菌細胞利用，合成ATP，為細菌提供能量，使其能夠在腸道中生存和繁殖。